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您可以前往南京市公安局户籍管理部门查询。
分析：根据法律规定，公民死亡后，其户籍信息会被注销，但相关部门会保留一定的历史记录。南京市公安局户籍管理部门作为负责户籍管理的政府机关，有权查询并提供已注销户籍的公民身份信息，包括身份证号码。
提醒：若查询过程中遇到阻碍或信息不全，可能表明问题较为复杂，建议及时寻求专业律师的进一步帮助。
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处理方式：
从法律角度，处理此类问题主要有两种方式：一是直接向南京市公安局户籍管理部门提出申请，按照其要求提供必要的证明材料和申请表格；二是若直接申请遇到困难，可以考虑通过法律途径，如申请政府信息公开或提起行政诉讼，以获取所需信息。
选择建议：若情况紧急且材料齐全，建议直接申请；若申请受阻，再考虑法律途径。
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具体操作：
1. 准备材料：包括您的身份证明、与已故父亲的亲属关系证明（如户口本、出生证明等）、以及申请查询父亲身份证号码的书面说明。
2. 前往南京市公安局户籍管理部门，提交申请材料，并填写相关申请表格。
3. 若直接申请成功，户籍管理部门将提供已故父亲的身份证号码信息；若受阻，可考虑向南京市政府信息公开工作机构申请政府信息公开，或依法向有管辖权的人民法院提起行政诉讼，要求相关部门提供信息。
4. 在法律途径下，需遵循法定程序，如提交诉状、参与听证、等待法院裁决等。
5. 无论采取何种方式，务必保留好所有申请材料和往来记录，以备不时之需。
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